自嘉道时期，绿营兵便已暴露出战斗力低下、腐败的弊端，因此清廷要求裁撤绿营的呼声日烈，太平天国运动的爆发更是把绿营一时推上了风口浪尖，不仅让国家经制之师的颜面一扫而尽，而且地位也被后来的湘军、淮军等勇营军队所取代。此外，清朝国库空虚、财政入不敷出的情形越来越严重，已经难以承担巨额的养兵费用，裁撤绿营迫在眉睫。总体而言，清朝晚期裁撤绿营主要经历了三个阶段，下面分而述之。

    （一）甲午战争以前的裁军

    这时的裁军幅度尚未有之后那么大，主要具有几种形式：第一是淘汰了年老体弱的绿营兵丁，以缓解巨大的财政压力，但仍维持现有的养兵规模。第二是减兵加饷，清朝绿营兵丁的收入历来很低，为了鼓舞士气，提高军队的战斗力，左宗棠曾上折提出加饷银，将裁撤绿营兵丁的军饷用来提高现有绿营兵的待遇，使其饷银足够养家糊口，可以安心练兵。朝廷批准了左宗棠的这一提案，在福建省共裁剪了绿营兵3万余名，其后浙江、广东、江苏等地纷纷仿效。第三便是裁减绿营而组建新军，将许多原来的绿营兵抽调出来组建新军，淘汰绿营传统的鸟枪、弓箭等装备，采用洋枪洋炮进行操练。

    嘉道时期经过近三十年的裁军，共裁减绿营兵17万多人，接近绿营数量的三分之一。不过这一时期对绿营的裁减的目的主要还是意图提高绿营的战斗力，并非从体制上消灭绿营，因此重建绿营的工作也同时展开。

    ( 二) 1895 年至 1899 年的裁军

    甲午一战后签订了《马关条约》，清政府要赔偿日本2亿两白银，在巨大的赔款压力后，各省督抚纷纷上策，建议清政府裁减部分绿营，将节省出来的军费用来培养，这一决定几天内便仓促出台。在压力之下，此次绿营的裁汰规模浩大，在不到5年的时间内共裁减了10多万人。不过朝廷匆忙部署的裁军措施遭到了包括张之洞在内的地方督抚的反对，彼时张之洞正代理两江总督的职务，他制定了“四不裁”策略：“官弁不宜裁、练军不宜裁、存营之兵不能裁、汛兵也不裁”，主要目的是保持现有绿营军队的稳定性和战斗力，唯一可裁的是零星汛兵，因为他们既不须操练备战，也不能缉捕盗贼，没有实际功用。

    这次裁军方案没有经过周密的筹划便出台了，带有强制性的特点，因为此时清政府并没有想好裁撤绿营后的替代者。清朝绿营除了驻防外，还负有维护社会治安的职能，无论是缉拿犯人、守卫衙门，还是护送饷银、传递公文，都离不开绿营。因此绿营一旦被裁撤过多，就难以在短时间内找到可以承担绿营职能的队伍，这样势必会影响国家职能机器的运转。因此，甲午战争后的第五年，清朝便停止了裁军。

    （三）1900 年以后的裁军

    这是晚清最后的十年，也是裁撤绿营最为彻底的十年。此时苟延残喘的清朝试图抓住最后一根救命稻草，通过打造一支近代化的新式军队来巩固王朝的统治。既然要大力发展新军，那么已成老朽之势的绿营势必要为其腾出位置。但是这时的清政府就如何裁撤绿营仍没有具体的方案，因此各地自行裁撤绿营的情形十分普遍。这就造成了绿营要么是通过人为地解散、要么是战败而溃散、要么是被当地军政当局遣散的局面。不过，这时期对裁减后的绿营军也有较为完善的善后机制，主要有三种去向，第一是继续挂靠在绿营各标营中，第二是到其他新建的军事组织中去，第三是到各类军事学堂继续深造。总之，到清朝灭亡前夕，各地的绿营已所存无几。自清朝灭亡，绿营军也逐渐退出了历史的舞台。