建文四年（1402年），经过四年的鏖战，朱棣成功地率领军队攻下了南京城。六月十七日，在谒拜朱元璋孝陵归来的途中，燕王朱棣及群臣导演了一场“黄袍加身”的劝进闹剧，朱棣装模作样地在南京“勉强”即皇帝位。即位后，朱棣改次年为永乐元年。十九年后，朱棣把都城迁到他的龙兴之地——北京。

    在永乐元年（1403 年）之前，北京从来不叫北京。这里曾经是女真族建立的金朝的都城，叫作“中都”，2010 年，考古工作者发现了面积约一千平米的金中都建筑遗址；这里也曾经是蒙古族建立的元朝的都城，叫作“大都”，有元大都城垣遗址为证。

    1368年明朝建立后，朱元璋的大将徐达攻下了元大都，改名“北平”。为了加强北部的边防，朱元璋在洪武三年（1370 年）将自己的第四个儿子朱棣分封到北平。洪武十年（1377年），朱棣离开南京，来到北平封地。此后，除了短暂地到南京觐见父皇以外，朱棣大部分时间都在北平。所以，我们可以想象，他应该已经习惯了在北平的生活。

    对于朱棣来说，北平是他的福地，是他的第二故乡。于是，善于揣摩上意的礼部尚书李至刚，在永乐元年正月给皇帝上了一疏，说：“自昔帝王，或起布衣平定天下，或由外藩入承大统，而于肇迹之地，皆有升崇。切见北平布政司，实皇上承运兴化之地，宜遵太祖高皇帝中都之制，立为京都。”朱棣很高兴地同意了，命以北平为“北京”。

    然而，南京对朱棣来说却是另外一层意义。尽管这里是父亲朱元璋确定下来的都城，然而一场皇位争夺，已经让南京染上了血腥。

    朱棣即位后，对忠于建文帝的官员大肆屠戮。他让有着“读书种子”之称的方孝孺替他写即位的诏书，遭到方孝孺的拒绝。狂怒的朱棣下令诛杀方孝孺“十族”，据说比“九族”还多杀了“门生故吏”一类人。黄子澄、练子宁等人，也都遭受极残酷的刑罚而死。一个人被株连，又会有更多的人受到连累，就像瓜藤一样绵延不绝，形成了所谓的“瓜蔓抄”。15 世纪初的南京城，血腥、恐怖和疑惧的气氛久久不散。

    方孝孺（1357—1402年7月25日），明朝大臣、学者、文学家、散文家、思想家。洪武三十一年（1398年）惠帝即位后，即遵照太祖遗训，召方孝孺入京委以重任。燕王朱棣誓师“靖难”，挥军南下京师。惠帝亦派兵北伐，当时讨伐燕王的诏书檄文都出自方孝孺之手。建文四年（1402年）五月，燕王进京后，文武百宫多见风转舵，投降燕王。方孝孺拒不投降，结果被捕下狱。后因拒绝为发动“靖难之役”的燕王朱棣草拟即位诏书，被朱棣杀害。

    民国年间，著名的学者黄裳先生游历南京，在文章中感叹地说：“明朝在南京建都了两代，燕王永乐靖难以后，大约是他看见在南京所流的血太多了，……近自朝廊，远及附郭的雨花台，都血迹斑斑，难免目击而心有不安，所以毅然迁都到了北京。”

    这样一番猜度，也许道出了几分真实。毕竟，再强悍的心灵，于夜深人静之时扪心自问，多少也会有几分脆弱与不安吧！因此，将都城迁往北京，不仅能使篡夺皇位的副作用降到最小，也许还能让朱棣的心灵多一些平静。

    这与武则天有异曲同工之处。当年武则天为了称帝，大肆屠杀李唐宗室子弟与反对她的朝臣，因为杀戮太重不愿意在长安住。她自永淳元年（682年）移居洛阳之后，大足元年（701年）十月二十年来首次西返长安。

    心灵的不安，是一方面。另一方面，则是更为现实的考虑。

    在1368年元顺帝退出大都后，回到北方草原的蒙古政权仍然具有强大实力，史称“北元”。洪武三年（1370 年），元顺帝在应昌逝世，他的儿子爱猷识理达腊继位，改年号为“宣光”，决心与明朝继续展开角逐。为此，朱元璋将几个儿子分封在对蒙古作战的前线之上，如北平的燕王、大同的晋王、大宁的宁王、宣府的谷王。

    靖难之役后，朱棣将宁王内迁到南昌，将谷王迁到长沙，明朝的北方边境防御因此被削弱。为此，朱棣在正式迁都北京之前，曾经三次发动对蒙古的战争。在这些战争中，北京是明朝军队的集合地点，也是军队给养的中转站。因此，历史学家们认为，朱棣迁都北京的现实考虑是要加强北部边防，即所谓“天子狩边”。

    然而，也有历史学家对“天子狩边”的说法表示疑问。他们认为，迁都北京是因为朱棣有更宏大的视野。在朱棣看来，北京是天下的中心，“四方万国，道里适均”。明末清初的学者孙承泽在《天府广记》中形容北京说：“燕蓟内跨中原，外控朔漠，真天下都会。”

    对于雄才大略的朱棣来说，“溥天之下，莫非王土”，北方广袤的草原，同样应该在大明帝国的统辖范围内。因此，北京作为“天下之中”，是当时朱棣对世界的想象。然而，随着之后明朝军事力量的日益削弱，“天子狩边”也就越来越成为历史事实！

    迁都显然是一项极其巨大而复杂的工程。

    行政权力向北京集中。永乐七年（ 1409年），朱棣第一次北巡。二月十一日，朱棣从南京出发，在三月初九到达了北京。在封建时代，天子所在的地方称“行在”。因此，此时北京便成了“行在”。随行的朝廷大员，职责中也多了“行在”的相应事务。例如，户部尚书夏原吉成了“行在户部尚书”，而且“兼掌行在礼部、兵部、都察院事”；兵部侍郎方宾则“兼掌行在吏部事”。

    这表明，皇帝的北巡不纯粹是游山玩水，而是带着一个处理政务的班子在行动。如果说之前将北平改称北京只是一个名称的改变的话，皇帝及政府大员的到来则表明此时的北京分担了部分帝国行政的功能。

    次年，朱棣率军三十万从北京出发，发动了对蒙古的第一次御驾亲征，击败了蒙古的本雅失里汗及阿鲁台。北征结束后，他在十一月回到南京。

    永乐 十 一 年（ 1413 年 ）， 朱 棣 再 次 北 巡， 到 永 乐 十 四 年（1416年）才回到南京；永乐十五年（1417 年），朱棣第三次北巡，从此再也没有回到南京。实际上，从永乐七年（1409 年）第一次北巡开始，朱棣在南京停留的时间仅有三年左右。皇帝越来越喜欢住在北京，北京逐渐成为帝国的权力中心。

    第二次北巡时，朱棣还命令将徐皇后的灵柩护送到北京。在北京北面的昌平，朱棣为徐皇后营建了陵墓。按照明朝太祖关于帝后合葬的定制，这座陵墓也将会是朱棣本人的陵寝。

    南京地位下降的另一个标志，是永乐十五年三月朱棣颁布的《 东 宫 留 守 事 宜 》。 此 前 朱 棣 北 巡， 太 子 则 在 南 京“ 监国”。然而，太子由“监国”改为“留守”，说明南京的行政地位正在下降。而且，朱棣规定：“内外文武大小官员，俱从行在吏部、兵部奏请铨选。”这样，处在北京的行在吏部、行在兵部掌控选任文武官员的权力，充分表明了帝国权力的北移。

    科举考试的会试，也从永乐十三年（1415年）起改在北京举行。选才、任官都集中到行在北京，南京的“清闲”于是势不可免。

    因此，从永乐七年营建长陵起，朱棣想要放弃南京迁都北京的构想已然无法掩饰了。随着权力的逐渐北移，迁都北京之心已经昭然若揭了。那么，既然朱棣的决心已下，为什么却又要等到十余年后才正式宣布迁都北京呢？

    一旦决定迁都，面临的第一个问题就是：粮食怎么办？大批政府官员和士兵涌入北京，粮食的需求大大增加了。然而，从唐宋以来，中国的经济中心已经南移，在经济上，北方要依赖于南方。元朝定都于大都，粮食却要从江南海运而来。一旦南北运输切断，大都的粮食则无法自给自足。首先要疏通运河,这花了好几年时间。漕运的畅通，沟通了南北之间的物质交流，南方的粮食及其他物资，可以源源不断地向北供应，为迁都北京奠定了基础。

    朱棣还要解决他在北京的宫殿问题。在永乐七年（1409年）第一次北巡的时候，朱棣在所谓的“奉天殿”接受臣民的朝贺，实际上，“奉天殿”不过是当初燕王府的承运殿改了个名称而已。如果迁都北京，自然需要有更符合皇帝身份的更高规格的宫殿建筑群。

    永乐十四年（1416 年）十一月，朱棣命文武群臣一起讨论迁都事宜。由于群臣都清楚迁都是朱棣的夙愿，自然不敢表示反对，而且对迁都北京的合理性做了一番夸颂。廷议群臣共同上奏说：“北京乃圣上龙兴之地，北枕居庸，西峙太行，东连山海，南俯中原，沃壤千里，山川形势，足以控四夷，制天下，诚帝王万世之都。宜敕所司营建。”至此，营建北京宫殿群正式提上了日程。

    大规模的宫殿营建，从永乐十五年（1417年）正式开始。但是，从永乐四年（1406 年）起，物料采办的工作就已经开始了。物料的采办，包括木、石、砖、瓦等建筑材料。

    采办木料，需要进入深山之中，工作辛苦。在永乐四年，仅湖湘之地，就役使了十万民众入山采木。当时采、运木料的军民，估计超过百万。四川、浙江、福建，也都是重点的采木区域。四川屏山县中都镇附近的神木祠遗址，便是当初纪念巨木不由人力浮江而下的凭证。督办官员一旦不能认真抚慰役夫，还会激起事变。永乐六年（1408 年），北京附近运木的役夫们就有“怨谤语”。永乐七年（1409 年），江西安福县因采木而发生了李法良的叛乱。

    永乐四年，砖瓦的制造工作开始了。在山东临清，大量官窑正在烧制澄浆城砖。江南苏州、松江（今上海）等地，则专门生产坚如钢铁、润如墨玉的“金砖”，用以铺设内殿。工部在北京设了五个大厂，分别是崇文门外储木材的神木厂、朝阳门外的大木厂、崇文门内“贮薪苇”的台基厂、陶然亭一带烧制青瓦的黑窑厂、和平门外的琉璃厂。据说，今天陶然亭公园的湖泊，就是当年取土制胚的遗迹。

    永乐十八年（1420年），北京宫殿群的建设工程基本竣工。竣工同一年的十一月，朱棣发布了次年将在新修的大殿上朝的谕旨。这年年底，朱棣的太子朱高炽和皇太孙朱瞻基也从南京驰赴北京。这表明，从此以后，“南京监国”或“留守”的政府系统也不再必要。

    永乐十九年（1421 年）正月初一，朱棣在奉天殿接受群臣朝贺。然而，欢乐之声没有持续太久。就在同一年的四月初八，刚刚完工不到一年的三大殿在一场火灾中化为灰烬。直到朱棣去世，三大殿也没有得到重建。

    朱棣的儿子朱高炽即仁宗即位后，下令将都城迁回南京。但是，朱高炽没有实现迁都的愿望就去世了。继位的宣德皇帝朱瞻基，虽然仍以南京为都城，但他本人及其行政中心却从来都没有离开过称作“行在”的北京。

    直到朱棣的曾孙——正统皇帝朱祁镇统治时期，三大殿才得以修复。正统六年（1441年）九月，三殿、两宫重修完成。十一月初一，十五岁的朱祁镇在奉天殿上接受群臣的朝贺，下诏“罢称北京行在”，在南京各衙门的印信上加上“南京”二字。从此，北京名正言顺地成为明帝国的首都。

    迁都北京，可以说是明朝初年最大的体制改革。对于明帝国来说，最大的威胁不是西方和南方，也不是东面和南面的海洋，只有北方的蒙古才足以构成真正的军事威胁。需要大量屯兵的地方只是北方。以北京为都城，皇帝就能够牢牢掌握那些军队，甚至可以亲自统率军队征战。

    然而，迁都北京固然加强了明朝的北部边防，但都城距离边境太近，也容易成为游牧的少数民族攻击的目标。终明一朝，北京多次暴露在蒙古及满洲等少数民族军队的直接攻击之下。一旦大同、宣府等边镇告急，京师就将进入戒严状态。

    弘治十三年（1500 年），兵部在给皇帝的奏疏中说：“顷北虏入寇大同，势甚猖獗，京师戒严，人心忷惧。”正统十四年（1449 年）和嘉靖二十九年（1450 年），蒙古骑兵两度兵临北京城下。

    迁都带来的间接影响，可能还包括朝廷对南方逐渐失去了兴趣，以及相应带来的航海事业的停止。法国年鉴派学者布罗代尔写道：“（郑和）的船队于1433年7 月22日回到南京。……明代的中国无疑将面临北方游牧民族日益强大的威胁。首都从南京迁到了北京。（大航海）这段历史已经成为过去。”